La carrière musicale de Wieland Kuijken sur instruments anciens commence avec L’Ensemble Alarius de Bruxelles (de 1959 à 1972). Parallèlement, il s’intéresse à la musique d’avant-garde
avec l’ensemble Musique nouvelle. Sa réputation internationale s’établit au fil des nombreux concerts et enregistrements qu’il effectue avec ses frères Sigiswald (violon) et Barthold (flûte), et avec Gustav Leonhardt, Frans Brüggen, Alfred Deller, Anner Bijlsma et bien d’autres musiciens célèbres. Wieland Kuijken est un pédagogue réputé : de 1972 à 2003, il enseigne la viole de gambe aux conservatoires de Bruxelles et de La Haye.

Il a également donné de très nombreux cours de maître à Innsbruck, aux États-Unis et au Japon. Il participe régulièrement à des jurys de concours internationaux (Bruges, Paris, Amsterdam, Boston, Utrecht, Leipzig, etc.). Avec ses frères, il est membre fondateur de l’orchestre La Petite Bande et du Quatuor Kuijken.

De 1988 à 1992, il dirige le Collegium Europae. Il est par ailleurs invité comme chef d’orchestre pour différents projets, en Europe et ailleurs.